Zu Beginn der NS-Herrschaft bekundete das Frankfurter Diakonissenhaus Unterstützungbereitschaft für den neuen Staat. Doch mit Mut und Geschick widersetzte es sich dem „Arierparagraphen“, der die Entlassung „nicht-arischer“ und oppositioneller Angestellter und Beamter vorschrieb, indem es trotz Verbots Ärzte und Schwestern jüdischer Herkunft weiterbeschäftigte.
Im Oktober 1934 bekannte sich das Frankfurter Diakonissenhaus zur „Barmer Erklärung“ der Bekennenden Kirche, mit der diese gegen die zwangsweise Gleichschaltung evangelischer Lehre, Organisation und Ausbildung mit der nationalsozialistischen Ideologie opponierte und eine Abwendung von staatlichen Totalitätsansprüchen vollzog.
Bei Luftangriffen am 22. und 24. März 1944 wurde die Diakonissenanlage durch die Zerstörung von Kirche, Krankenhaus und Nellinistift schwer getroffen, ein Drittel der 15 Häuser fiel der Vernichtung anheim. Das Diakonissenmutterhaus, das baulich mit dem Krankenhaus zusammenhing, erlitt leichte Beschädigungen. Alle Schwestern überlebten die Angriffe, wie auch die Kranken, Alten und Kinder.
Am 17. April 1945 erging von Seiten der amerikanischen Besatzer der Befehl, das Gelände an der Eschersheimer Landstraße bis zum 30. April zu verlassen, da es von der US-Army beschlagnahmt werden sollte. Die Diakonissen konnten die Villa Manskopf in Niederrad als provisorische Bleibe beziehen.
Im August 1946 wurde die Villa Manskopf zum Tagungsort der Bekennenden Kirche. Ihre Vertreter trafen hier grundlegende Entscheidungen für die Neubildung kirchlichen Lebens im Sinne der Barmer Bekenntnissynode.







